El Instituto Milenio BASE es una organización que se crea y desarrolla conforme a la colaboración con diferentes organizaciones académicas, públicas y privadas. Con este énfasis, desde sus inicios estrecha lazos con cinco universidades albergantes que facilitan conocimiento, instalaciones, laboratorios y servicios al quehacer del Instituto. A ella se suman organizaciones colaboradoras con las cuales se generan vínculos estratégicos y proyectos específicos.